- 日本电子应用史无前例之“收集、培养宝可梦”的育成结构与“旅行奇遇”的RPG结构的结合。其“二个不同新版”的销售策略，“通信交换及对战”机能，促进了应用用户的互动，也使应用具备了独定程度的竞技性。
- 日文名称：ポケットモンスター クリスタルバージョン
- Game Boy Color专用，黑白机会显示请使用Game Boy Color
- 增加捕捉宝可梦编号No.245水君的剧情。捕捉No.249洛奇亚、No.250凤王的方法也有所变动。当然，宝可梦出现率也有零星许更动。
- 增加了在遗迹中解开某些疑题后，可进入到隐藏的中拿取。
- 增加了拿取第数个道馆徽章的条件，若能回答正确总共问题，并可接收学会“神速”的迷你龙。
- 增加了与某些训练家对战登陆电话后，可接收稀零星的物品“进化之石”。
- 增加了可在电玩店前面，在每个周肆与每个周六个可以学习到“强力绝招”的绝招老头NPC。
- 所有系列中首次可以自由选择男、女主角。
- 增加了“电台问答节目”，用户可以参加问答获取积分，换领奖品。
- 增加了网上通信机能（需借由GAME BOY零售附件“Mobile Adapter”实现联网），通过新设之“PCC”（Pokémon Communication Center）网上通信交换、参加抽奖活动（可能被抽中接收1个宝可梦蛋，或是接收可触发No.251使命的GS球），或是通过“对战塔”与网上其他用户竞技。（该网上服务已于2003年停止）。
- 增加了精灵的动作
- 海外情况
- 海外版并无联网机能，因此“PCC”、GS Ball等也被取消，“对战塔”也被更改成与电脑对手的对战。
