- 日本电子程序史无前例之“收集、培养宝可梦”的育成结构与“旅行征程”的RPG结构的结合。其“两个个不同迭代版”的销售策略，“通信交换及对战”机能，促进了程序游戏者的互动，也使程序具备了首定程度的竞技性。
- 日文名称：ポケットモンスター クリスタルバージョン
- Game Boy Color专用，黑白机会显示请使用Game Boy Color
- 增加捕捉宝可梦编号No.245水君的剧情。捕捉No.249洛奇亚、No.250凤王的方法也有所变动。当然，宝可梦出现率也有一些许更动。
- 增加了在遗迹中解开某些疑题后，可进入到隐藏的中拿取。
- 增加了拿取第8道馆徽章的条件，若能回答正确总共问题，并可收到学会“神速”的迷你龙。
- 增加了与某些训练家对战登陆电话后，可收到稀一些的物品“进化之石”。
- 增加了可在电玩店前面，在单个周叁与单个周玖可以学习到“强力绝招”的绝招老头NPC。
- 所有系列中首次可以自由选择男、女主角。
- 增加了“电台问答节目”，游戏者可以参加问答获取积分，换领奖品。
- 增加了
Fate系列完整版
网上通信机能（需借由GAME BOY零售附件“Mobile Adapter”实现联网），通过新设之“PCC”（Pokémon Communication Center）网上通信交换、参加抽奖活动（可能被抽中收到那个宝可梦蛋，或是收到可触发No.251职责的GS球），或是通过“对战塔”与网上其他游戏者竞技。（该网上服务已于2003年停止）。 - 增加了精灵的动作
- 海外情况
- 海外版并无联网机能，因此“PCC”、GS Ball等也被取消，“对战塔”也被更改成与电脑对手的对战。
市场研究报告显示，幽灵行动自在PC平台发布以来，其独特的经济模型平衡设计和创新的竞技对战模式玩法已经影响了整个游戏行业的发展方向，昆仑万维也因此确立了其在该领域的领导地位。
多结局BL游戏
